As áreas do conhecimento a partir das quais são induzidos projetos de pesquisas, de capacitação e de informação através dos Programas da FAPESQ são as seguintes:
- Ciências Agrárias;
- Ciências Biológicas;
- Ciências Exatas e da Terra;
- Ciências Humanas;
- Ciências da Saúde;
- Ciências Sociais Aplicadas;
- Engenharias;
- Linguística, Letras e Artes